自然流产时孕囊通常会在数小时到数天内排出，但具体时间因人而异，建议密切观察自身情况并及时咨询医生。

自然流产主要发生在怀孕12周之前，是指胚胎或胎儿因某种原因未能在子宫内正常发育导致的流产过程。流产后，孕囊的排出是比较显著的一个阶段，其时间长短取决于个体差异、流产原因以及流产方式的不同。自然流产一般分为完全流产和不完全流产，而两者孕囊的排出时间可能不同。

在完全流产的情况下，孕囊会随出血一起排出，时间较为集中，可能在数小时内完成。症状包括下腹疼痛、出血量增多，这些通常提示子宫正在收缩推送孕囊离开。而不完全流产时，孕囊可能部分排出或者滞留，这种情况下排出的时间可能延长，甚至需要医疗介入来清理残留物。如果孕囊长期滞留，也可能导致感染或其他并发症。

流产过程对女性的身体和心理都有较大的影响，无论孕囊是否已排出，都需要通过B超检查确认子宫内是否清空，避免残留危害身体健康。如果出现严重腹痛、出血过多甚至感染迹象，也应尽快前往医院进行诊治。流产后建议多休息，适当补充营养，同时进行后续必要的康复护理。