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1、上海交通大学医学院附属仁济医院
截至2020年底，医院共设有53个临床医技科室，总核定床位2750张;共有正式职工4390人，其中正、副高级职称专家587名，博导136名、硕导166名。仁济医院在2019年度医院综合实力排名榜(复旦版)中位列全国第十五名，在万博最新官方网站 专科声誉排名中，医院消化内科排第二，风湿免疫科排第三，变态反应科排全国第四、麻醉科排全国第六，泌尿外科排第七，核医学科、生殖医学科排全国第十，肾内科、神经外科、妇产科、放射科、普通外科、检验医学、健康管理等学科均获提名，处于国内地位，部分领域达国际水平。
2、上海交通大学医学院附属新华医院
医院普通外科、心脏大血管外科、小儿外科、急诊医学科、耳鼻咽喉头颈外科、皮肤科、儿内科小儿呼吸专业、中医儿科、检验科和临床药学等10个学科位列国家临床重点专科建设项目。医院拥有多个省部级临床研究与诊治中心，包括卫生部中国遗传医学中心新生儿筛查和遗传代谢病部、上海市小儿外科临床医学中心、上海市危重孕产妇会诊抢救中心、上海市危重新生儿会诊抢救中心、上海市产前诊断中心、上海市儿童听力障碍诊治中心、上海市新生儿先天性心脏病筛查诊治中心、上海市罕见病诊治中心、上海市儿童罕见病诊治中心等9个省部级诊治及抢救中心，以及8个上海交通大学诊治中心。
3、复旦大学附属华山医院
华山医院15次蝉联“上海市文明单位”称号，2次蝉联“全国文明单位”，并荣获全国基层党组织、全国五一劳动奖状、全国精神文明建设集体、全国厂务公开民主管理示范单位、全国青年文明号等荣誉称号。对接国家战略和民生关切，始终是华山的责任与使命。医院继与摩洛哥、云南、新疆、西藏等地建立医疗卫生对口支援后，还在国家卫健委的统一部署下，与海口、福建等地合作共建。按照国务院要求，与福建省人民政府共建复旦大学附属华山医院福建医院，以福建医科大学附属第一医院为依托，建设国家区域医疗中心。通过智慧医疗等模式，使优质服务得以内延外展，惠及20余省市、200多家医院。2018年4月，李克强总理亲自来华山考察互联网远程会诊系统，鼓励医院继续积极发展“互联网+医疗”。
4、上海交通大学医学院附属第九人民医院
2019年度中国医院科技量值研究排⾏榜医院综合排名全国第9位，整形外科学排名全国第⼀，⼝腔医学排名全国第三，⽿⿐咽 喉科学排名全国第五，眼科学排名全国第⼋。2019年度上海市三甲医院科研竞争⼒排⾏榜中，九院综合排名全市第2位，其中⼝腔医学、整形外科学、⻣外科学均排名第1 位，眼科学、麻醉学排名第2位，⽿⿐咽喉学和实验诊断学排名第3位，感染性疾病学和临床放射学排名第4位，内分泌学位排名第5 位。
5、复旦大学附属中山医院
医院科室齐全、综合实力雄厚。心脏、肝脏、肾脏和肺部疾病诊治是医院的重点和特色，诊治水平始终处于国内地位。医院有1个国家临床医学研究中心：放射与治疗(介入治疗)中心。1项国家疑难病症诊治能力提升工程(心脑血管方向)。1个国家公共卫生和重大疫情防控救治体系建设项目。1个国家重点学科(呼吸)发展项目。18个国家临床重点专科建设项目：消化科、检验科、麻醉科、心血管内科、内分泌科、胸外科、心脏大血管外科、临床护理、中医脑病科、呼吸内科、肾病科、普通外科、重症医学科、肿瘤科、医学影像科、器官移植科、急诊医学科和神经内科。4个国家重大疾病多学科合作诊疗能力建设项目：消化道肿瘤、心脏瓣膜病、重症肺炎和早期认知障碍疾病。
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